והבאת את עומר ראשית קצירכם אל הכהן – מנחת העומר ומנחת סוטה הן המנחות היחידות שבאות משעורים ולא מחיטים. והנה לגבי מנחת סוטה מבואר הטעם בגמרא – היא עשתה מעשה בהמה, לפיכך תאכל מאכל בהמה. אך לגבי מנחת העומר לא בואר הטעם. מבאר ערוך השולחן בסימן תפ״ט, שמכיוון שספירת המ״ט יום כציפייה למתן תורה מתחילה עם העומר, גזרה תורה שהקרבן שמגיע בסוף הספירה (שתי הלחם, הבאים בשבועות) יהיה חיטים, והקרבן שמגיע בתחילת הספירה יהיה שעורים, וזאת על מנת לבטא, שקודם מתן תורה נחשב האדם כבהמה עדיין יחסית למהותו לאחר מתן תורה. ולכן, קרבנו שעורים, שהוא מאכל בהמה (כשם שנימקה הגמרא בעניין קרבן סוטה, כמו שהבאנו לעיל). (נ.ל. זה כשיטת הזהר)וספרתם לכם ממחרת השבת - במסכת מנחות דף ס״ו מבואר שנחלקו רב אשי ואמימר: רב אשי נהג לספור ימים ושבועות (כמנהגנו היום), ואמימר ספר רק ימים. אמימר נימק דעתו כך - לאחר שחרב הבית בטלה מצוות ספירה, ואין היא כיום אלא "זכר למקדש", ולכן די בכך שנמנה ימים ואין צורך למנות שבועות. ובהסבר רש״י "האי מניינא דהשתא לאו חובה הוא, דהא ליכא עומר, אלא זכר למקדש בעלמא הוא, הלכך ביומי סגי". אך השאלה היא, כשרב אשי חלק על אמימר וספר גם שבועות. האם חלק משום שלדעתו ספירת העומר גם לאחר שחרב הבית היא דאורייתא. או שמא הוא מסכים לכך שספירה כיום אינה אלא זכר למקדש, ובכל זאת סבר שיש לספור גם שבועות.בשאלה זו נחלקו הראשונים: הרמב״ם סובר שספירת העומר כיום דאורייתא, אך רוב הראשונים חולקים עליו. מבאר ערוך השולחן בדעת הרמב"ם, שלדעתו אע״פ שחרב הבית ואין מביאים עומר, מכל מקום שורש מצוות הספירה אינו קשור לעומר דווקא אלא זהו ביטוי לציפיה למתן תורה. וזה שייר בכל זמן. ומה שאמרה תורה להביא קרבן בתחילת הספירה, קרבן העומר, הוא דין נוסף (שטעמו בואר בהערה הקודמת), אך אין ביטולו גורם לביטול מצוות הספירה.